杨一把所有的新军进行了一次大的改编，新老士兵被打散编在一起，新军一共编有四个军八个师，约十六万人，另还编有混成独立旅两个，新军合计总人数达到十八万人。
对于南京城里的杨秀清，杨一采取了全面封锁加政治攻势，另外允许走私的战略。
全面封锁就是。
封锁一切进入南京的粮食和物资，同时还组织一切宣传手段，对南京城里的守军展开心理攻势，允许走私就是让刘十八的海盗团伙往城里偷偷的运粮食，把太平军收刮来的值钱玩意和银两，都用粮食给换回来。
尽管这样做最终受苦的还是城里的普通百姓，但这也是没有办法的事情，就像张健说的那样，成大事者有时候是要舍去一些东西的。
困守南京的杨秀清，随着杨一下令封锁，也终日处在一种恐慌只中。
城里的粮食供应很快就出现危机。
杨一利用风筝这种古老的飞行器，把写好的传单散发到南京城里的每个角落，同时藏在城里的奸细也趁乱四处张贴标语，散步谣言，鼓惑人心。
杨一的传单上一般都劝市民们尽快离开南京，因为南京将变成战场。
同时号召广大士兵不要再为杨秀清这样的小人卖命了，并敦促杨秀清尽快放下武器投降。
还用庐州的李秀成为活生生的例子说明了，只要放下武器，新军一律既往不咎，给予宽大处理。
在杨一连续不断的政治攻势下，居民开始出现恐慌，争先恐后的要求离开南京，气急败坏的杨秀清下令紧闭城门，不许百姓离开。
居民的恐慌很快蔓延到士兵中，南京城里的士兵也开始感到巨大的恐慌，士气大为低落。
一些将领为了给自己留条后路，也开始秘密和杨一接触。
杨一充分利用李秀成和陈玉成昔日在太平军中的影响，积极联络城中的将领。
李秀成的兄弟李时贤，陈玉成在扬州的旧部叶芸等先后和新军取得联系。
而困兽犹斗的杨秀清，整日在天王府里做着自己一统江山的白日梦，整日歌舞升平，过着日益糜烂的生活，丝毫没有察觉自己已经是众叛亲离。
腊月初十，在李时贤和叶芸等城内将领的配合下，南京北门被趁夜打开，新军一涌而入南京，在内应的配合下，城内的各个重要据点先后被占领，新军杀进天王府时，杨秀清依然在和他的嫔妃们喝酒作乐。
等发现情况不对时，南京城已经彻底落入杨一的手里。
杨秀清的亲信早被李时贤和叶芸的手下缴械后关押起来，是役新军病不血刃，轻取南京。
至此，太平天国在江南的最后一个堡垒被攻克，杨秀清被押往北京凌迟处死。
新军随即南下，安庆守将林启荣在陈玉成的召唤下献城投降，安徽，江苏，浙江三省全境，彻底的落如杨一的控制之中。
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