11点30分，南云中将及其幕僚转移到了大阪号巡洋舰，开始集合残余的舰队。
13时40分，10架南云军“雪女”式鱼雷攻击机和6架“0”式战斗机又从小泉号飞来，对受伤的炎黄号发起了第二次攻击。
炎黄号被两枚鱼雷击中，左舷附近掀开两个大洞，并把舰舵给轧住了。
所幸，适时赶来的‘托勒密’武装旗舰将炎黄号救下。
14时45分，混编军侦察机发现南云及山口军武士号航空母舰，华夏方面立即命令白起号、廉颇号航空母舰的30架“空霸”式俯冲轰炸机起飞，去攻击武士号。
16时45分，炎黄号航空母舰的俯冲轰炸机成功地攻击了南云军仅剩下的飞龙号。
飞龙号当即命中4弹，船上一片火海。
山口司令官和舰长加来一郎随舰葬身大海。
6月4日晚19时，已经被摧毁的南云军苍龙号、甲贺号航空母舰先后沉没。
6月5日2时55分，团藏派遣的山本五十六大将否决了其首席参谋黑岛大佐提出的集中全部舰只在白天轰炸并登陆红莲岛大唐港的借以挽回败局的方案，下令：“取消红莲岛的占领行动。”并表示“所有责任由我一个人来担当，我回去向团藏及首领大人请罪。”他把自己关进会客室，一连三天拒绝会见部下。
6月5日夜间，日军两艘重巡洋舰最上号和三菱号在浓雾中转向时互撞，最上号重创，三菱号留下陪伴左右。
3时50分，被摧毁的赤城号航空母舰被山本军驱逐舰发射的鱼雷击沉。
5时10分，无法挽救的飞龙号航空母舰被山本军驱逐舰发射的鱼雷击沉。
6月5日天亮，混合军飞机一波又一波的轰炸负伤的日军巡洋舰三菱号、最上号。
三菱号葬身海底，而重伤的最上号反而逃过大难，挣扎着回到火之国的基地。
攻击结束以后，特混舰队随即撤离战场。
13时00分，山本军I－168号潜艇发现了现旗舰‘托勒密’号，随即发射4条鱼雷，2条命中，1条命中护航驱逐舰，但是却因为托勒密上所释放的GN离子盾的缘故并未对其造成伤害。
随即，团藏方旗舰先后被托勒密所释放的“能天使”“主天使”“力天使”“炽天使”四台高达消灭。
自此，团藏所属海军消耗殆尽，海战方面结束。
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