故事情节（第一回）
继续旅行的小智一行来到了四周环绕着丰富自然景观的河畔之城米琪那。
这座城中有几千年前的神殿遗址，小智一行向位于巨大岩山上的遗迹前进。
岩山山顶有一片巨大的湖，遗迹就建在湖边。
小智一行陶醉在美丽的湖光之中。
然而，湖面波澜骤起，水上形成了龙卷风，向小智一行迫近。
眼看就要被龙卷风卷起来的时候，忽有一位女子伴着[迪亚鲁加，拜托你了！
]的声音出现。
下一个瞬间，空间被割裂开，迪亚鲁加的身影出现…
女子名叫西娜，是遗迹的守护者。
据说她有和神奇宝贝心意相通的能力。
西娜将小智一行引入遗迹，用时空仪逐一介绍了迪亚鲁加、帕鲁奇亚和骑拉帝纳的空间，然后又开始将米琪那镇的古老传说娓娓道来…
（这时候，从DP第一部剧场版里面时间空间双神为什么会相遇，第二部里面冥王龙为什么会如此失态冲出反转世界这一切的一切都解开了）
一切要从上古时代，相传创造了万物的幻之神奇宝贝亚尔修斯(Arceus)为救许多神奇宝贝而撞向陨石的事情说起。
故事情节（第二回）
由于和陨石相撞，亚尔修斯陷入濒死。
原因是冲击波使亚尔修斯失去了它持有的16个命之源。
一名叫达莫斯的男子找到了丢失的命之源并交给了亚尔修斯。
为了感谢达莫斯的帮助，对米琪那的土地荒芜感到同情的亚尔修斯用自己命之源中的水、草、地面、雷电和龙的力量取出做成生命宝玉，并借给了达莫斯。
达莫斯用生命宝玉带来的亚尔修斯的力量使米琪那的土地变得富饶起来。
然而，达莫斯与亚尔修斯间就借给生命宝玉立下约定，到下次太阳消失的哪一天——意味着在下次日食出现的时候，达莫斯就要把生命宝玉交还给亚尔修斯。
相信了达莫斯的亚尔修斯借给了他生命宝玉，之后米琪那的土地逐渐变得湿润，并丰收起来。
然后，该把生命宝玉交还给亚尔修斯的约定的日子到来了……
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