1998.
第一部\超梦的逆袭
立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。
这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。
招待券里面写着：你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。
「最强的神奇宝贝训练家？」好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！
当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。
港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。
「没问题！
我们有神奇宝贝！」出声的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。
正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。
正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。
什么？
竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！
！
正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！
小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。
至于火箭队嘛……就和从前一样，「好讨厌的感觉啊～」
在到达新岛之后，一名长的很像神奇宝贝中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城。
海男、空男和小甜果然已经到了。
当领路的女子介绍最强的神奇宝贝训家出场时，没想到出现在众人面前的竟然是……超梦？
1999年.
路基亚的爆诞
小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”。
这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚，不惜破坏这个古老的传说，在祭典上芙萝拉要小智成为拯救世界的人，但必须得到三样宝物，这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。
小智去火之岛的路途中却遇到暴风雨，这时候，芙萝拉认为是她让小智走向危险的地方，所以芙萝拉、小霞、小健就决定去找小智．这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队，而就在火箭队要强夺皮卡丘时，芙萝拉一行人刚好来到。
芙萝拉与小智说话的同时，闪电鸟出现在火之岛，就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时，坏人出现了，它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟，连同小智一行人也被抓了。
到底小智等人会如何呢？
2000年.
结晶塔的帝王
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