《神奇宝贝超世代》（PokémonAdvancedGeneration）共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
5.
2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl）。
对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷渡上来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。
新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。
另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。
6.
在《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl）中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取神奇宝贝。
而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和小刚再度会合。
在机缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘，三人于是并一同结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。
和以往不同的是，小光的戏份大幅增加，在历代女主角中，还是第一个有办法和小智的戏份相提并论的。
目前日本正持续播出中，台湾也由中视进行首播。
主要人物
主条目：小智
主条目：皮卡丘
主条目：小霞
主条目：小刚
主条目：小建
主条目：小遥
主条目：小胜
主条目：小光
主要对手
主条目：武藏
主条目：小次郎
主条目：喵喵
主条目：亚马多
主条目：小三郎
劲敌
被列为主要劲敌的准则如下：
1.
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