小智的口袋妖怪与炎帝展开了激烈的战斗，但终究是不禁K，幸亏此时为了帮助小智的喷火龙及时赶到，利用强大的火焰攻击与飞行能力不断攻击，但最终炎帝还是凭借着未知图腾神奇的力量打败了喷火龙，就在要解决喷火龙的一瞬，小莉终于醒悟阻止了炎帝，正在这一切向大结局发展的时候，未知图腾却因失去了小莉的意识而暴走了！
炎帝帮助小莉与小智他们一路脱逃，来到了未知图腾的所在地，但所有的攻击在未知图腾群的精神力量下全都无效。
最后，炎帝舍身攻击，在小莉信赖的意识下终于打乱了未知图腾的活动。
结晶城恢复了原样，小莉的爸爸妈妈也回来了，只是那存在又消失了的炎帝，到底是真身还是一个瞬间的幻影呢？
我们不得而知……
2001年.
雪拉比穿越时空的遭遇
在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。
一个叫小羽的男孩想进去那个森林去画画,在森林内,小羽遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比,当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候,雪拉比带着小羽到了40年后(也就是现代),正好小智他们在这森林里,他们救了小羽,小羽告诉了小智他们关于雪拉比的事,小智他们救了雪拉比,并和他成为了好朋友.
与此同时，火箭队的三干部之一比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪比拉。
他
比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。
为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与小羽拼命奋战。
可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……
激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！
小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！
？
2002年.
水都的守护神
传说，从图书馆的小偷开始……
水都，小精灵水上冲浪比赛，拉提亚斯[1]想帮小智，结果小锯鳄却走错方向。
小霞以微弱差距获得冠军。
亚军载小智等人游览水都，并讲述这个城市的美丽传说。
发现桑兰与莉奥的火箭队，决定先她们一步，成为新的小偷NO.
1。
桑兰与莉奥追捕变成人形卡侬的拉提亚斯，小智英雄救美，拉提亚斯跑得无影无踪。
小智等人参观博物馆，看到真正卡侬，小智上前搭话，被骂。
小智一路追赶卡侬，又遇到了变成人形卡侬的拉提亚斯，被带入神秘花园。
小智与卡侬和博物馆的爷爷化解误会，了解心灵水珠的美丽传说，回去与小霞、小刚汇合。
桑兰与莉奥行动开始！
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