拉提奥斯为了救拉提亚斯被抓住，心灵水珠也被抢走。
拉提亚斯变成人形跑去找小智求援，在小霞、小刚面前现出真实面目。
武藏小次郎依然肩负起跑龙套的重任……
莉奥利用拉提奥斯与心灵水珠的力量开始发飙。
小霞、小刚被突然出现的铁栅栏困住，小智与拉提亚斯勇往直前，摆脱复活的化石神奇宝贝的追杀，终于救出拉迪奥斯，但此时心灵水珠借由古代机器发动的巨大潮水即将摧毁城市……
已是奄奄一息的拉提奥斯为了保护水都和妹妹而牺牲。
小智等人将心灵水珠放回原位。
最后，码头边，卡侬送给小智一幅画，并与小智一吻告别……
当然还有，桑兰与莉奥在牢中继续研究着她们未来的小偷事业，武藏小次郎则继续着他们未来的跑龙套事业……
2003年.
七夜的许愿星
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。
为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。
在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。
在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。
为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。
充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？
小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？
小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
2004年.
裂空的访问者代欧奇希斯
裂空的访问者代欧奇希斯
[DestinyDeoxys]
台湾电视上映日：2006年4月15日
日本上映日：2004年7月17日
美国发片日：2005年2月15日
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