原来在海洋某处，水之民一族建造了“海之神殿－亚库夏”，里面供奉隐藏着珍宝“海之王冠”。
但目前据说谁也没看过这顶王冠的实体模样。
这时，追寻着传说之谜的神奇宝贝援助员“杰克·渥克”(昵称杰奇)出现了。
原来杰奇正执行一项机密任务，那就是要把苍海的王子──玛纳霏的蛋给安然送进神殿里。
于是广美和小智等人也协助这项任务。
忽然这时！
出现了有“魅影”之称的海盗船长开来的大型潜水舰。
原来魅影想要夺取王冠，借住王冠的神力来策划征服世界。
但是要解开王冠隐藏的谜团，似乎还需要靠玛纳霏的蛋。
这时连火箭队都想过来分一杯羹，造成了大混乱！
为了抵制魅影的阴谋，杰奇开始用捕获器借住许多神奇宝贝的力量，小智他们也拿出自己的神奇宝贝准备应战。
但毕竟对方的高科技潜水舰威力太强，顿时陷入危机！
神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛纳霏终于诞生了！
隐藏于王冠珍宝里的秘密是？
而玛纳霏的神秘力量又是？
最后杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？
！
现在，准备朝向海之神殿－亚库夏，目睹这精采的冒险吧！
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